Shadowlaw es ahora más poderosa que nunca. Utilizando su Poder Psíquico, Bison ha comenzado a crear verdaderas marionetas humanas, manipulando la mente de chicas y utilizándolas para sus propósitos. Una de estas chicas es Cammy White, que es enviada a atacar una aldea, en la que se enfrenta a Dhalsim. Durante la batalla, Dhalsim lee la mente de la chica y ve cómo ella es distinta a las demás marionetas, ella tiene alma. Cammy, tras escuchar esto, se aleja confusa sin saber qué le está pasando.
Bison, dispuesto a no dejar que las marionetas se le vayan de las manos, envía a Vega a acabar con Cammy. Tras una batalla entre Vega y Cammy, el español gana a la chica, pero decide no matarla ya que le parece demasiado bonita como para asesinarla...
Mientras tanto, el ejército está preocupado por la desaparición de Charlie, que no ha vuelto desde que fue a intentar detener a Bison, así que envían a otro capitán del ejército llamado Guile, que además es un gran amigo de Charlie, en su busca.
Tras comenzar la búsqueda, Guile encuentra a su amigo tirado cerca de unas cataratas, totalmente herido y rodeado de un charco de sangre, pero milagrosamente aún vive. Pasada una temporada Charlie por fin se recupera de sus heridas y prosigue la operación para aniquilar Shadowlaw junto a Chun-Li.
 Bison descubre el potencial de Ryu, por lo que decide ir a capturarlo para utilizar su fuerza. Pero como Ryu es difícil de encontrar, Bison decide capturar a su amigo Ken, le lava el cerebro mediante su Poder Psíquico y potencia la rivalidad que éste tiene con Ryu. Así que Ken, que ahora tenía una fuerza mayor de lo habitual, y Ryu se encuentran y se enfrentan.
Finalmente, Ruy vence, por lo que Bison decide atacar personalmente. Comienza la batalla final...
Tras un intenso combate,Bison está a punto de perder, pero no se rinde, así que le lanza un rayo de su Poder Psíquico. Entoncés Ryu empieza a notar un terrible poder en su interior, era el poder oscuro que mencionaba Akuma. Pero Ryu no se rinde y recibe la fuerza necesaria para golpear a Bison con un último golpe, su invencible Shoryuken. Bison cae al suelo totalmente debilitado y sin moverse. Ryu ha vencido.
Tras este duro enfrentamiento, Ken vuelve a su estado normal y tras una pequeña conversación con Ryu, ambos amigos vuelven a separarse, cada uno por su lado, para prepararse para una batalla final entre ambos que puede llegar cualquier día.
Mientras tanto, Charlie y su amigo Guile han encontrado la base de Shadowlaw. Aprovechando que Bison no está entran y empiezan a colocar bombas por todo el complejo, incluyendo el Dispositivo Psíquico, un artefacto que permite a Bison ser inmortal y tener poder ilimitado. Cuando terminan con las bombas y se disponen a huir, aparece Bison (que aun seguía vivo tras el combate con Ryu) y se enfrentan. Guile y Charlie se enfrentan juntos a él, pero no pueden vencerle, y deben darse prisa porque las bombas están a punto de explotar con ellos dentro.
Finalmente Charlie se lanza contra Bison y lo sujeta por la espalda para que Guile pueda huir.
Guile consigue escapar, pero Charlie muere en la explosión junto a Bison. El sacrificio no ha sido en vano, Bison ha muerto y Shadowlaw al fin ha sido derrotada.
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Después de todo lo ocurrido, Ruy y Ken se vuelven a enfrentar para poner en practica todo lo aprendido hasta ahora. Tras una dura lucha, Ken consiguió vencer a Ryu que acabó debilitado en el suelo. Como símbolo de amistad, el luchador americano le dio a su rival la cinta roja con la que se ataba la coleta para recordar su amistad. Desde entonces, Ryu dejó su cinta de pelo blanca (que lleva en SF1 y en toda la saga alpha) y empezó a utilizar la cinta roja que le dio Ken.